Kasus COVID-19 di Kota Pasuruan sempat mereda. Bahkan risiko penularan berada di zona kuning sejak 24 Mei 2021, yang mana saat itu sehari hanya 1 orang terkonfirmasi positif COVID-19. Namun zona kuning hanya bertahan 2 pekan.
Pada awal Juni, kasus mulai meningkat sehingga Kota Pasuruan kembali ke zona oranye. Disiplin masyarakat terhadap protokol kesehatan (prokes) yang kendur serta pengawasan petugas terhadap kegiatan masyarakat yang mulai longgar, menjadi faktor penyebab kenaikan kasus COVID-19. Hingga pada pertengahan Juni, terjadi lonjakan kasus.
Kasus COVID-19 aktif yang sebelumnya cukup dihitung dengan jari naik menjadi belasan, puluhan hingga kembali tembus 118 per 25 Juni. Pada pekan pertama Juni hanya ditemukan 1 kasus baru, sepanjang tanggal 8-14 Juni ditemukan 9 kasus. Lonjakan terjadi pada tanggal 15-21 Juni di mana ditemukan 70 kasus, kemudian tanggal 22-24 Juni ditemukan 29 kasus, dan tanggal 25 Juni ditemukan 22 kasus.
Lonjakan kasus itu berasal dari klaster ziarah dan klaster pesantren yang saling berhubungan. Klaster pesantren bermula dari klaster ziarah di Kelurahan Trajeng, Kecamatan Panggungrejo.
Satgas menemukan 53 kasus positif dari 245 orang rombongan ziarah asal Kelurahan Trajeng yang di-tracing. Di klaster ziarah ini, satgas menemukan 1 peserta rombongan sudah kembali ke pondok pesantren putri Salafiyah, yang ternyata positif COVID-19. Akhirnya 63 santriwati di-tracing dan di-testing dan 38 di antaranya positif.
Lonjakan kasus juga dari klaster perkantoran di mana ditemukan 34 kasus di beberapa instansi pemerintah dan swasta. Selain itu ada tambahan 1-2 kasus di beberapa kelurahan.
Pemerintah Kota Pasuruan mengantisipasi meluasnya penularan dengan berbagai upaya. Semua warga yang terpapar COVID-19 yang tak bergejala (OTG) langsung dikarantina. Sementara yang sakit dibawa ke rumah sakit. Lokasi munculnya klaster dilakukan semi-lockdown dengan pengawasan ketat.