Dalam pertemuan itu, para pimpinan DPR akhirnya sepakat mereka akan berpegang pada pasal 8 UUD 1945 dan Pasal 2 Tap MPR No. VII/MPR/1973. Artinya, jika Presiden Soeharto menyatakan mundur, maka pengucapan sumpah Wakil Presiden dilakukan di depan Sidang Paripurna DPR. Pengucapan sumpah akan dilakukan pada Jumat, 22 Mei 1998. Pertimbangannya, hari itu, Kamis 21 Mei merupakan hari libur nasional terkait Kenaikan Isa Al Masih. Sekjen DPR kemudian diutus ke istana untuk melakukan koordinasi untuk masalah tersebut.
Harmoko lantas berusaha menghubungi Mensesneg Sa'adillah Mursyid. Tapi Harmoko tidak kunjung berhasil menghubungi sang Mensesneg. Untuk itu, pimpinan DPR merasa perlu membahas hal ini dengan Mahkamah Agung (MA). Mereka kemudian berangkat ke Istana pukul 08.20 WIB. Sepuluh menit kemudian mobil yang membawa Harmoko tiba di Istana Merdeka. Lima menit berselang Presiden Soeharto yang didampingi putri sulungnya, Siti Hardijanti Rukmana juga tiba di istana.
Di Istana telah hadir pula Wakil Presiden BJ Habibie, Mensesneg Sa'adillah Mursyid, dan Menhankam/Pangab Wiranto. Protokoler kemudian mempersilahkan pimpinan DPR dan Sekjen DPR Afif Ma'roef memasuki ruangan yang telah dihadiri tiga pejabat tersebut. Harmoko segera menyampaikan pendapatnya kepada Habibie mengenai pengambilan sumpah yang seharusnya dilakukan di Gedung DPR, di hadapan para wakil rakyat.
Beberapa menit berselang, Ketua MA Sarwata kemudian mendatangi Harmoko dan menyatakan pembacaan sumpah di istana tetap sah, sesuai Pasal 8 UUD 1945 dan Tap MPR No VII/MPR/1973. Sebab pada hari itu, 21 Mei 1998, merupakan hari libur dan di DPR masih banyak masyarakat dan mahasiswa , sehingga tidak mungkin pengucapan sumpah dilakukan di DPR.
Selain itu, Sarwata dalam buku "Berhentinya Soeharto, Fakta dan Kesaksian Harmoko" mengatakan, tidak boleh ada "vacuum" atau kekosongan kekuasaan sehingga pengucapan sumpah harus dilakukan sesegera mungkin. Setelah mendengar keterangan dari Ketua MA, Pimpinan DPR, yakni Harmoko, Syarwan Hamid, Abdul Ghafur, Fatimah Ahmad, Buya Ismail Matereum, diminta Presiden Soeharto untuk bertemu di ruang Jepara.
Saat itu Soeharto menanyakan, apakah ada dokumen-dokumen lain? Harmoko menjawab tidak ada. Semua data dan aspirasi sudah dilampirkan dalam surat tanggal 19 Mei 1998. Selanjutnya Soeharto mengatakan, setelah memperhatikan sungguh-sungguh saran dan pendapat pimpinan DPR dan pimpinan fraksi-fraksi, saya berhenti sebagai presiden. "Saudara-saudara di ruangan ini saja, saya akan mengumumkan kepada rakyat, dan nanti wakil presiden akan mengucapkan sumpahnya sebagai presiden di depan Mahkamah Agung," lanjut Soeharto.
Bagi Harmoko, pernyataan Soeharto di hadapan pimpinan DPR di ruang Jepara sebenarnya sudah sah. Dan saat itu juga, di hadapan wakil rakyat, presiden sudah secara resmi mengundurkan diri. Harmoko juga mengisahkan, suasana di ruang itu mendadak hening.
"Saat itu terlintas dalam benak saya bahwa Pak Harto merupakan pemimpin yang konsekuen dalam melaksanakan konstitusi. Sebelumnya saya berpikir suksesi kepemimpinan Soeharto akan berakhir di Sidang Istimewa MPR," ujar Harmoko.
Bahkan Harmoko sempat khawatir, Presiden Soeharto akan mengambil tindakan negara dalam keadaan darurat. Setelah acara pengumuman pernyataan berhenti Soeharto dan pengangkatan sumpah Habibie sebagai presdien, Soeharto kembali datang ke ruang Jepara, tempat para pimpinan DPR berkumpul. "Saudara-saudara sejak sekarang saya tidak menjadi presiden lagi. Saudara-saudara selaku pimpinan DPR/MPR semoga ikut menjaga bangsa dan negara ini, terima kasih," kata Soeharto. Setelah itu Soeharto menyalami Harmoko Cs dan meninggalkan ruangan.
Buku "Berhentinya Soeharto, Fakta dan Kesaksian Harmoko" tidak dijelaskan perkembangan hubungan Harmoko dengan Soeharto maupun anak-anaknya. Namun disebut-sebut, pertemuan Soeharto dengan Harmoko di ruang Jepara adalah pertemuan terakhir antara bekas penguasa Orde Baru itu dengan "anak emasnya".
Sebab setelah itu hubungan Harmoko dengan keluarga Cendana terputus. Harmoko dianggap sebagai pengkhianat oleh keluarga Cendana beserta kroninya. Sebab harmoko dianggap orang yang menjerumuskan Soeharto ke dalam krisis yang berujung pelengseran.
Bahkan saat Soeharto sakit, Harmoko baru membezuk saat sakit mantan bosnya memasuki hari ke-12. Harmoko, saat ditemui detikcom mengatakan, ia sibuk dengan pesantrennya di Nganjuk, Jawa Timur. Lagi pula, lanjutnya, ia sudah mengirimkan doa dan karangan bunga buat Soeharto. "Bahkan saya datang ke Astana Giri Bangun untuk memanjatkan doa buat beliau," jelasnya.
Tapi kenyataannya , ketika Harmoko menyempatkan diri membezuk Soeharto di Rumah Sakit Pusat Pertamina (RSPP) pada 16 Januari 2008, tidak ada satu orang pun anak Soeharto yang menyambutnya. Ia juga tidak diperkenankan menemui Soeharto yang sedang tergolek sakit. Tapi bekas Menteri Penerangan selama tiga periode ini punya alasan lain. Menurutnya, ia tidak boleh menemui Soeharto karena sang mantan presiden masih dalam perawatan di ruang ICU. Lagi pula, kata Harmoko, ia dan istri disambut dengan baik oleh Ibu Sudwikatmono dan Ibu Probosutedjo yang merupakan keluarga Soeharto.
Perlakuan keluarga Cendana terhadap Harmoko jelas beda dengan para kolega Soeharto yang lain, misalnya Moerdiono, dan beberapa tokoh lainnya. Para loyalis Soeharto itu masih bisa mendekati ranjang Soeharto sekalipun di ruang ICU.
Harmoko tidak sakit hati dengan perlakuan berbeda yang diterimanya. Ia tidak merasa perlakuan itu sebagai balas dendam atas tindakannya yang meminta Soeharto lengser. Harmoko menegaskan hubungannya dengan Soeharto setelah pelengseran baik-baik saja.
Soeharto bagi Harmoko tidak pernah menganggapnya sebagai Brutus. Buktinya, mantan bos yang dilengserkannya itu mengiriminya sebuah buku pada 27 November 2007, dua bulan sebelum kematian Soeharto.
"(Hubungan dengan Soeharto) Baik-baik saja. Ini buktinya," kata Harmoko sambil memperlihatkan buku "The Life and Legacy of Indonesia's Second President". Di buku itu ada tanda tangan Soeharto.
Selain tanda tangan Soeharto, di buku itu juga tertera tulisan tangan Soeharto yang berbunyi "untuk saudara Harmoko". Harmoko mengaku bukti yang berupa pemberian buku Soeharto itu tidak pernah ia ungkapkan kepada publik sebelumnya. Kini setelah blak-blakan, Harmoko menyerahkan semua kepada masyarakat untuk menilainya.
