Menteri Luar Negeri Bolivia, David Choquehuanca, membantah tuduhan tersebut.
Choquehuanca mengatakan Prancis dan Portugal menutup bandar udara mereka karena kebohongan yang menyatakan Snowden ada di pesawat.
SCROLL TO CONTINUE WITH CONTENT
Pesawat jet dilaporkan diperbolehkan mengisi bahan bakar di Spanyol sebelum akhirnya mendarat di Wina, Austria. Presiden Morales dilaporkan tengah berada di bandara Wina dan membahas rute pulang ke Bolivia.

Presiden Boliva akan mempertimbangkan suaka jika Snowden memintanya.
Presiden Bolivia ini sebelumnya berkunjung ke Moskow, Rusia, daerah di mana Snowden diperkirakan bersembunyi selama lebih dari sepekan.
Dia mengatakan kepada televisi Rusia bahwa Bolivia belum menerima permohonan suaka dari Snowden, namun permohonan itu, jika memang dilakukan, akan dipertimbangkan.
"Bolivia siap untuk menerima orang-orang yang mengungkapkan spionase, jika hal itu bisa disebut demikian," katanya.
Cegah perang
Morales dan Presiden Venezuela Nicolas Maduro berada di Moskow untuk pertemuan negara-negara pengekspor gas.
Maduro juga mengatakan belum menerima permohonan suaka, tetapi dia memperlihatkan dukungan kepada Snowden dan mengatakan dia pantas mendapat lindungan dari dunia terhadap tekanan AS.
"Mengapa mereka menganiaya dia? Apa yang dia lakukan? Apakah ia meluncurkan rudal dan membunuh seseorang? Apakah dia memiliki bom dan membunuh seseorang? Tidak. Dia adalah orang yang mencegah terjadinya perang," katanya kepada kantor berita Reuters.
Snowden menarik permohonannya ke Rusia setelah Presiden Vladimir Putin mengatakan dia bisa tinggal dengan syarat bahwa ia berhenti merusak "kemitraan Rusia-Amerika" dengan upaya pembocoran dokumen rahasia, kata Kremlin Dmitry Peskov.
Pemerintah Rusia mengatakan pada Selasa (02/06) bahwa pria berusia 30 tahun itu belum memasuki wilayah Rusia dan masih berada di wilayah transit Sheremetyevo. Dia dilaporkan telah tinggal di sana sejak pergi dari Hong Kong pada 23 Juni lalu.
Bocornya ribuan dokumen rahasia intelijen oleh Snowden mengungkap bahwa AS secara sistematis menyadap sejumlah besar informasi dari telepon dan internet.
Wikileaks, mengatakan fakta tersebut melegalkan upaya hukum yang dilakukan Snowden dengan jalan suaka.
(bbc/bbc)