Waryono terbukti bersalah melakukan tindak pidana korupsi dalam kegiatan Setjen ESDM, menyuap Sutan Bhatoegana dan menerima uang gratifikasi.
Waryono juga terbukti melakukan korupsi sebagaimana dakwaan kedua yakni memberikan duit USD 140 ribu untuk anggota DPR periode 2009-2014, Sutan Bhatoegana. Duit ini diberikan untuk mempermulus pembahasan APBN-P TA 2013 di Komisi VII DPR.
Waryono sebelumnya dituntut oleh Jaksa KPK dengan hukuman 9 tahun penjara, denda Rp 200 juta subsidair 6 bulan kurungan dan uang pengganti Rp 150 juta.