Pembangunan masjid pada tahun 1966, mulai digunakan 1967.
Komplek Islamic Center Masjid Jogokariyan, Jalan Jogokariyan 36, Kelurahan Mantrijeron, Kecamatan Mantrijeron, Kota Yogyakarta, Selasa (23/6/2015).
Pembangunan masjid ini berawal dari wakaf seorang pedagang batik dari Karangkajen, Yogyakarta. Awalnya masjid terletak di sebelah selatan kampung Jokogkariyan, namun seiring berjalannya waktu, takmir masjid pertama yakni Ustadz Amin Said mengusulkan untuk memindahkan masjid ke tengah kampung.
Di Islamic Center Masjid Jogokariyan inilah segala kegiatan pelayanan jamaah banyak dilakukan. Ada 28 divisi yang bekerja. Di antaranya biro klinik, biro kaut, dan komite aksi untuk umat.