Pemeriksaan DNA dilakukan pada kasus ini adalah pemeriksaaan Y-Short Tandem Repeats (Y-STR), Y-STR merupakan DNA inti yang diturunkan secara keseluruhan dari seorang pria ke semua anak laki-lakinya. Hasan Alhabshy/detikcom.
Pemeriksaan DNA yang dilakukan kepada anak laki-lakinya yaitu Tuan Zulfikar berhasil menunjukkan suatu profil DNA dari lokus Y-STR yang menunjukkan garis keturunan paternal dari Tn. Zulfikar. Hasan Alhabshy/detikcom.
Pemeriksaan DNA ini juga sempat terkendala oleh beberapa masalah seperti masalah sampel DNA yang sudah terdegradasi akibat lamanya waktu (60 tahun), dan sampel yang terendam air akibat terkubur pada Daerah Aliran Sungai (DAS), tingginya kontaminasi, jumlah sampel yang tinggal sedikit dan langkanya metode ekstrasi DNA untuk pemeriksaan kasus semacam ini. Hasan Alhabshy/detikcom.
Saat ini pemeriksaan terhadap bahan sisa sampel kerangka sedang dalam proses persiapan analisis LCN, dan TIM memperkirakan pemeriksaan akan memberikan hasil pada awal November 2012. Hasan Alhabshy/detikcom.