Dia ditangkap aparat di lokasi itu pada Mei 1985 karena diduga terkait bom Borobudur. Selanjutnya, dia dipenjara selama 13 tahun. Dia didakwa menyediakan bahan peledak untuk bom Borobudur.
"Dia selalu membantah bahwa dia tahu bahan peledak yang dia beli akan dipakai untuk aksi teror (bom Borobudur -red)," kata Direktur Institute of Policy Analysis of Conflict (IPAC), Sydney Jones, kepada wartawan, Senin (14/10/2019).
Dijelaskan Jones, Baraja adalah ustaz radikal yang dulu dekat dengan Abu Bakar Ba'asyir. Dilansir dari situs Khilafatul Muslimin, Baraja menggagas kelompok ini pada 18 Juli 1997.
Apakah KM terkait Jamaah Ansharut Daulah (JAD)? "Setahu saya belum ada keterkaitan, walaupun bisa saja ada mantan anggota KM yang menyeberang ke JAD. Tapi KM memang non-violent," tutur Jones.